Из большого толкового:
ПЛЫТЬ, плыву, плывёшь; плыл, -ла, плыло; нсв. 1. Передвигаться по поверхности или в глубине воды в определённом направлении (о рыбах, животных и человеке). Лосось, тюлень плывёт. Собака, лошадь плывёт. Человек плывёт. Быстро п. П. на боку, на спине. П. кролем, сажёнками. 3. Передвигаться в воде, на воде в зависимости от ветра, течения. По реке плывут брёвна. П. по воле волн (отдаться течению обстоятельств, событий, не противодействовать ходу событий). П. по течению (не проявлять самостоятельности, подчиниться обстоятельствам, условиям). П. против течения (действовать наперекор господствующим, преобладающим условиям, обстоятельствам, взглядам).
ПЛАВАТЬ, -аю, -аешь; плавающий; нсв. 1. =Плыть (1-9 зн.), но обозначает действие повторяющееся, совершающееся в различных направлениях, взад и вперёд. П. в море. П. на плоту. В аквариуме плавают разные рыбы. Утки плавают. Коршун плавает в небе. Запах сирени плавал в воздухе. 2. Уметь передвигаться в воде, держась на её поверхности или в глубине. Учиться п. Хорошо п. П. на спине, саженками, брассом. П. по-собачьи (подгребая руками под себя). 3. Находясь в какой-л. жидкости, держаться на поверхности её, не тонуть (о предметах). Сухое дерево плавает. Свинец не плавает. // Находиться в натёкшей, пролитой жидкости, оставаясь в устойчивом, неподвижном положении. Дома в половодье плавают в воде. Убитый плавал в луже крови.
Разница все же есть.
Подчеркивание мое. Может, Справка и права. В сочетании с "плавать" предлогов "в" больше.